Уже слишком долго для комментариев, поэтому я отвечу здесь. В файле sqlproj есть ссылки на физические файлы, например:
<Build Include="Schemas\dbo\Tables\tableA.sql" />
Обычно у него есть определение таблицы и все индексы внутри этого файла, поэтому, если вы удалите эту запись из файла proj, то он не будет включен в проект. Таким образом, если вы удаляете ссылки на все таблицы, которые необходимо удалить, и публикуете sh, то это должно сработать.
Ваш другой скрипт для импорта всего в локальную базу данных, удаления таблиц и последующего импорта или выполнения сравнения с импортировать изменения.