Как предположил Алекс, вы можете создать dll, экспортировать функцию, к которой вы хотите получить доступ, из python и использовать модуль ctypes (http://docs.python.org/library/ctypes.html) для доступа, например,
>>> libc = cdll.LoadLibrary("libc.so.6")
>>> printf = libc.printf
>>> printf("Hello, %s\n", "World!")
Hello, World
или существует альтернативный более простой подход, который многие люди не рассматривают, но он одинаково полезен во многих случаях, то есть непосредственно вызывает программу из командной строки. Вы сказали, что у вас уже есть работающая программа, поэтому я предполагаю, что она выполняет шифрование / дешифрование из командной строки? если да, то почему бы вам просто не вызвать программу из os.system или модуля подпроцесса вместо того, чтобы копаться в коде, изменять его и поддерживать его.
Я бы сказал, идите вторым путем, если он не может удовлетворить ваши требования.