Работа с большим матричным полем в объекте R6 медленная - PullRequest
Новая
       29

Работа с большим матричным полем в объекте R6 медленная

1 голос
/ 05 февраля 2020

Я создаю матрицу, представляющую определенное значение для комбинации клиентов (строки) и функций (столбцы). Давайте назовем эту матрицу NBA. Основываясь на данных, полученных через API, эту матрицу нужно обновлять много раз каждую секунду, вставляя новые значения для каждого вызова с m [x, y] <- new_value. Впоследствии выполняются некоторые матричные операции (здесь это не важно). Матрица является частью объекта R6 как частное поле, а метод update_matrix позволяет обновить определенную ячейку матрицы. Однако эта операция очень медленная по сравнению с обновлением обычного матричного объекта вне R6, порядка микросекунд, а не наносекунд. </p>

Представляет: 

library(bench)
library(ggplot2)
library(tidyr)

# Create NBA matrix, sparse
no_customers <- 1e6
no_features <- 30

NBA_matrix <-
  matrix(
    sample(c(rep(0, 1000), 1), size = no_customers * no_features, replace = TRUE),
    nrow = no_customers,
    ncol = no_features
  )

# Create NBA_like R6 object with matrix
library(R6)
NBA_lite <- R6Class("NBA_lite",
              public = list(
                mm = NULL,
                initialize = function(input_matrix) self$mm <- input_matrix,
                get_matrix = function() self$mm,
                modify = function(row, col, value) self$mm[row,col] <- value
              )
)
new_NBA_lite <- NBA_lite$new(input_matrix = NBA_matrix)

# Benchmark modifying single value, matrix vs R6 field
bench::mark(matrix     = NBA_matrix[234123, 10] <- 2,
            R6_field   = new_NBA_lite$modify(row = 234123, col = 10, value = 2))

expression                                              median  total_time
NBA_matrix[234123, 10] <- 2                             804ns   8.84ms
new_NBA_lite$modify(row = 234123, col = 10, value = 2)   126ms  125.66ms

Из bench :: mark кажется, что использование метода R6 каждый раз запускает сборку мусора, что может объяснить добавленные ~ 120 мс.

Мне трудно понять это, так как я воспринимаю объекты R6 как среды передачи по ссылке, которые не должны подвергаться копированию при модификации и необходимости в сборке мусора.

PS : Та же самая задержка g c происходит при использовании S4 OOP в R.

Заранее спасибо

...