Вы какая-то система контроля версий (Subversion, GIT или что-то еще), которая поможет вам легко объединить ваши изменения.
Если вы что-то измените, ваш друг просто обновит свои источники и увидит ваши изменения, и наоборот. Использование контроля версий также является хорошей идеей, если вы являетесь единственным программистом в проекте, поскольку вы всегда можете легко отменить изменения, иметь полную историю и т. Д.