У меня была такая же проблема, и я не обращал внимания на часть ДО создания проекта установки.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/zt39148a(v=VS.100).aspx
Для создания инсталляторов для вашего сервиса
В обозревателе решений щелкните правой кнопкой мыши Service1.vb или Service1.cs и выберите View Designer.
Щелкните фоном дизайнера, чтобы выбрать сам сервис, а не любое его содержимое.
Когда дизайнер находится в фокусе, щелкните правой кнопкой мыши и выберите «Добавить установщик».
По умолчанию класс компонентов, содержащий два установщика, добавляется в ваш проект. Компонент называется ProjectInstaller, и содержащиеся в нем установщики являются установщиком для вашей службы и установщиком для связанного со службой процесса.
В представлении «Дизайн» для ProjectInstaller щелкните «ServiceInstaller1» или «ServiceInstaller1».
В окне «Свойства» убедитесь, что для свойства ServiceName установлено значение MyNewService.
Установите для свойства StartType значение Автоматически.
В конструкторе щелкните ServiceProcessInstaller1 (для проекта Visual Basic) или serviceProcessInstaller1 (для проекта Visual C #). Установите для свойства Account значение LocalSystem. Это приведет к тому, что служба будет установлена и запущена с локальной учетной записью службы.