С архитектурной точки зрения было бы лучше сохранить изменения в файле конфигурации при отправке страницы. Однако вполне вероятно, что файл web.config блокируется при запуске приложения.
Следовательно, если у вас есть изменения, относящиеся к конкретному приложению, которые вы хотели бы сохранить, для их сохранения лучше найти другой метод, чем web.config.