Настройка справочной службы фактически сохраняется в файле проекта; таким образом, это не реально и не отличается от обоих проектов, ссылающихся на общую сборку.
Единственная «опция», о которой я могу подумать, - это если проект B имеет ссылку на проект A, а проект A имеет веб-ссылку на ваш веб-сервис, тогда B может вызвать A, который вызывает веб-сервис .... служит только для того, чтобы скрыть вашу зависимость.
Это не совсем похоже на проблему, которую стоит решить. Особенно, если два проекта могут быть развернуты независимо друг от друга.