Директивы в .htaccess применяются ко всем входящим HTTP-запросам.
Когда пользователь (или бот) переходит по гиперссылке на веб-сайт, это инструктирует браузер пользователя (user- агент) сделать запрос на целевой URL. В случае HTTP-URL-адреса вашего веб-сайта браузер пользователя отправляет HTTP-запрос - аналогично тому, если пользователь ввел этот URL-адрес в свой браузер.
Так что, да, пользователь перешел по ссылке на другой сайт также перенаправляется, поскольку это просто HTTP-запрос.
Если честно, если внешняя ссылка (точнее, пользователь / бот, следовавший по этой внешней ссылке) обошла вашу переадресацию, то какой смысл Реализация перенаправления в первую очередь? Обычно такие перенаправления существуют исключительно для перенаправления входящих запросов на старые URL.