Вы можете размещать файлы где угодно, но вы должны быть осторожны, чтобы ссылки на пространство имен по-прежнему были правильными.
Я бы посмотрел ваше объявление Root Namespace в свойствах проекта, чтобы убедиться, что оно установлено на то, что вы ожидаете. Кроме того, вы захотите посмотреть расположение ваших объектов TableAdapter, поскольку именно в этом и заключается фактическая ошибка, а не в объявлении вашего StudentQueriesDataTable (на которое ссылается xsd в качестве опубликованного вопроса)