Самое простое - получить позицию (индекс) заголовка в строке, а затем получить доступ ко значению всех ячеек с одним и тем же индексом столбца.
$('#table th').click(function() {
var th = $(this);
var index = $('th', th.parents('tr')).index(th);
var column = $('tbody td:nth-child(' + (index + 1) + ')', th.parents('table'));
var values = column.map(function() {
return $(this).text();
});
alert($.makeArray(values));
});
Который основан на этом примере:
<table id="table">
<thead>
<tr><th>head1</th><th>head2</th><th>head3</th></tr>
</thead>
<tbody>
<tr><td>cell1a</td><td>cell2a</td><td>cell3a</td></tr>
<tr><td>cell1b</td><td>cell2b</td><td>cell3b</td></tr>
<tr><td>cell1c</td><td>cell2c</td><td>cell3c</td></tr>
</tbody>
</table>