Dynami c Распределение памяти и NETCDF - PullRequest
Новая
       10

Dynami c Распределение памяти и NETCDF

0 голосов
/ 13 января 2020

Я боролся с небольшим тестовым кодом, который я сделал для записи данных в файл формата netcdf. Код должен записывать две переменные с одинаковыми значениями, но память распределяется по-разному. Код следующий: 

int main(int argc, char** argv)
{

  int i, j, k;
  char filen2[80];

  int ncid, err, cmode;
  int dimid[2],varid[2];
  printf("Creating Netcdf Output file\n");
  int mx=5, my=5, mz=5;
    printf("mx my mz: %d %d %d %i \n", mx , my, mz,  rank);
    sprintf(filen2, "test.nc");
    printf("Writing file: %s \n",filen2);
    cmode = NC_CLOBBER;

    err = nc_create(filen2, cmode, &ncid); ERR

    /* free info object */
    if (MInfo != MPI_INFO_NULL) MPI_Info_free(&MInfo);

    /* define dimensions */
    err = nc_def_dim(ncid, "MZ", mz, &dimid[0]); ERR
    err = nc_def_dim(ncid, "MY", my, &dimid[1]); ERR

    err = nc_def_var(ncid, "Z", NC_DOUBLE, 2, dimid, &varid[0]); ERR
    err = nc_def_var(ncid, "Y", NC_DOUBLE, 2, dimid, &varid[1]); ERR
    /* exit define mode */
    err = nc_enddef(ncid); ERR
    size_t start2[2], count2[2];
    start2[0] = 0;
    start2[1] = 0;
    count2[0] = mz;
    count2[1] = my;
    printf("Start: %d  %d  %i \n", start2[0], start2[1],  rank);
    printf("Count: %d  %d %i \n", count[0], count[1], rank);
      double **buffertmp2=NULL;
      double buffertmp3[mz][my];
      buffertmp2 = (double **) malloc( sizeof(double *) * mz);
      for(k=0; k<mz; k++){
        buffertmp2[k] = (double *) malloc( sizeof(double) * my);
        for(j=0; j<my; j++){
          buffertmp2[k][j] = k;
          buffertmp3[k][j] = k;
        }
      }
    err = nc_put_vara_double(ncid, varid[0], start2, count2, &buffertmp2[0][0]); ERR
    err = nc_put_vara_double(ncid, varid[1], start2, count2, &buffertmp3[0][0]); ERR
    err = nc_close(ncid); ERR
  for(k=0; k<mz; k++){
  for(j=0; j<my; j++){
     printf("bff2 %le \n", buffertmp2[k][j]);
  }
}
  for(k=0; k<mz; k++){
  for(j=0; j<my; j++){
     printf("bff3 %le \n", buffertmp3[k][j]);
}  }
  printf("The End \n");
}

Вывод, считанный на MATLAB, дает: 

X =

         0         0    1.0000    0.0000    2.0000
         0         0    1.0000    2.0000         0
         0    0.0000    1.0000    2.0000         0
         0    1.0000         0    2.0000    0.0000
         0    1.0000         0    2.0000    3.0000

Y =

     0     1     2     3     4
     0     1     2     3     4
     0     1     2     3     4
     0     1     2     3     4
     0     1     2     3     4

Вывод Y - это то, что я действительно ожидал, но вывод X полностью неправильно. Мне было интересно, если кто-то может указать, как распределение памяти изменить весь вывод. Что я могу сделать, чтобы записать данные в файл netcdf, если выделение памяти было сделано для циклов for, как для buffertmp2, без необходимости создания промежуточной переменной.

Спасибо, Крис

1 Ответ

0 голосов
/ 13 января 2020

Я не уверен, что это правильный ответ, но вы должны заметить, что buffertmp2 и buffertmp3 - это две совершенно разные структуры данных .

buffertmp3 одна большая BLOB-объект памяти, содержащий двумерный массив.

buffertmp2 - это массив указателей (строк), указывающих на данные строки.

При передаче этих различных структур данных в Matlab (или netcdf) функции), он должен знать, что вы передаете различные структуры данных.

...