Я думаю, что вы должны использовать как группы SharePoint, так и группы Active Directory.
Группы активных каталогов хорошо работают в тех случаях, когда вы хотите предоставить доступ большому количеству пользователей (например, Authenicated Users) или группам, которые уже существуют, например, группе Marketing.
Группы SharePoint хорошо работают для предоставления доступа небольшой группе пользователей, которые не используют общую группу Active Directory.
В любом случае рекомендуется сначала добавить пользователей в группы, а затем применить разрешения группы к ресурсам на вашем сайте.