Невозможно установить модуль Bio :: SeqIO в Ubuntu для Windows 10 из Microsoft Store

Question

Я использовал Ubuntu 18.04 LTS для Windows из магазина Microsoft и попытался установить модуль Bio Perl Bio :: SeqIO с cpanm Bio::SeqIO. Perl версия v5.26.1. Кажется, что установка модуля не удалась:

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'XML::LibXNL::Reader' is not installed, Module 'XML::LibXML' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::DOM' is not installed
! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7
58 distributions installed

Если я запускаю скрипт со строкой, используйте Bio :: SeqIO; Я получаю сообщение об ошибке:

    Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the 
        Bio::SeqIO module) (@INC contains: ...

Я не уверен, что делать дальше. Я мог бы попытаться установить зависимости, которые не удалось с cpanm, но я не знаю, если это правильный путь.

Answer 1

Я пробовал это на своем Windows 10 ноутбуке:

• Установлен WSL Ubuntu 18.10, как описано здесь , затем

• Использование системы perl, то есть /usr/bin/perl (возможно, было бы лучше использовать perlbrew и установить пользовательский perl и таким образом избегать использования sudo) из окна терминала Linux:

  sudo apt-get update
  sudo apt-get -y install make gcc libexpat1-dev
  sudo cpan local::lib
  sudo cpan App::cpanminus
  sudo cpanm -n Time::Zone  # <-- failed tests
  sudo cpanm -n XML::DOM::XPath # <-- failed tests
  sudo cpanm Bio::SeqIO
  

Это сработало для меня.

Answer 2

Возможно, sudo apt-get install bioperl bioperl-run установит все модули, которые вам могут понадобиться в функции.

Bio perl