Вы можете скрыть (default package), установив фильтр Пустые родительские пакеты (меню шашлыка Package Explorer> Фильтры ...).
В Java пакеты соответствуют архитектуре каталога исходной папки, поэтому создание пакета com.utility.org создаст вложенные папки com/utility/org. Следовательно, com и com.utility - это не "дополнительные" пакеты, а фактические пакеты, соответствующие папкам com/ и com/utility. (default package) соответствует самой исходной папке.
Поскольку пусто, com и com.utility должны быть скрыты фильтром. В качестве альтернативы вы также можете попросить Проводника сгруппировать вложенные пакеты в виде дерева (меню шашлыка Проводника пакетов> Представление пакета> Иерархический):
