Вы можете попробовать использовать webdeploy для достижения ваших требований. Сначала вы можете создать пакет веб-развертывания в приложении, а затем выполнить команду ниже, чтобы задать имя пула приложений.
msdeploy.exe -verb:sync -dest:auto -enableLink:AppPoolExtension -source:package="C:\Package\Package.zip" -setParam:"Application Pool"="Reports"