Клонируйте репо, затем используйте очиститель репозитория BFG, чтобы удалить все файлы в другом каталоге и все коммиты, оставшиеся пустыми из-за этой очистки.
Затем снова клонируйте исходное репо, промойте и повторите для другого каталога.
Вы можете найти очиститель репо BFG здесь:
.
git clone --mirror git://example.com/some-big-repo.git
java -jar bfg.jar --delete-folders RemoveMe --delete-files RemoveMe
cd some-big-repo.git $ git reflog expire --expire=now --all && git gc --prune=now --aggressive