Я нашел решение. runtimeSchema (независимо от того, поддерживает ли схема базы данных или нет. Это не важно. Это просто работает) может использоваться для этой цели, например:
<table tableName="account" domainObjectName="Account">
<property name="runtimeSchema" value="account" />
</table>
Однако ibator добавляет runctimeSchema к каждой таблице. Он создаст account.account как имя таблицы (а не просто account), которая не будет работать. Но вы можете написать скрипт для удаления всех префиксов.