К сожалению, это должно быть сделано вручную.
Самый простой способ - отменить git фиксацию создания сущности. Вот почему рекомендуется всегда фиксировать после создания объекта.
Помимо удаления файлов, вы также можете создать журнал изменений Liquibase для удаления таблицы объекта.