Нет, это невозможно.
Вы можете либо иметь файл в хранилище Git и отслеживать его, либо не иметь его в хранилище Git и не отслеживать. Отслеживать файл - значит иметь его в хранилище. Если вы удаляете файл из репозитория и игнорируете его, он не отслеживается и больше не является частью репозитория.
Если ваша цель - взять файл в репозитории и игнорировать его изменения, лучше всего способ сделать это - создать какой-то файл шаблона, который отслеживается , и скопировать его на место неотслеживаемого файла, который вы хотите изменить. Это можно сделать вручную или с помощью какого-либо сценария сборки или настройки.
Есть люди, которые скажут вам использовать для этого биты skip-worktree или предположить неизменными, но это не поддерживается и Git документация говорит не делать этого.