Вам необходимо использовать параметр min_count в новой функции sum_with_mincount. Обратите внимание на квадратные скобки [] вокруг sum_with_mincount. Без скобок pandas не знает, как интерпретировать параметр agg скипна. К сожалению, это приводит к мультииндексу, который нужно сгладить с помощью последней строки кода.
Минимальный пример:
idx = pd.date_range(datetime(2020, 1, 1), datetime(2020, 3, 31), freq='D')
df_daily = pd.DataFrame(np.nan, index=idx, columns=['A', 'B'])
def sum_with_mincount(x): return x.sum(min_count=1)
df_monthly = df_daily.resample('MS').agg([sum_with_mincount], skipna=True)
df_monthly.columns = [col[0] for col in df_monthly.columns]
Вывод:
A B
2020-01-01 nan nan
2020-02-01 nan nan
2020-03-01 nan nan