Безусловно, установка значения столбца всегда «влияет» на него, даже если новое значение совпадает со старым. Если вы хотите видеть только то, отличается ли значение сейчас, вы можете проверить количество строк, затронутых чем-то вроде
UPDATE users SET active=1 WHERE id = 304 AND active != 1;
Таким образом, запрос на обновление соответствует только строкам, которые еще не «активны»