Как запустить функцию в цикле ar - PullRequest
0 голосов
/ 05 февраля 2020

У меня есть датафрейм с набором геномных c координат. Я sh найду гены вокруг этих координат, используя nearest.gene(), которые печатают результаты по одному за раз. Я изо всех сил пытался запустить функцию в al oop:

apply(gene_lst, 1, function (x) nearest.gene(chr=gene_lst$Chr, pos=gene_lst$Pos))
      1       2       3       4       5       6       7       8       9      10 
"ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3" "ACBD3"

Она перезаписывает первый вывод для следующих девяти координат. Есть ли лучший способ запустить эту функцию?

1 Ответ

1 голос
/ 05 февраля 2020

Я думаю, вы можете попробовать следующий код, где вы должны передать x в вашу функцию nearest.gene()

apply(gene_lst, 1, function (x) nearest.gene(chr=x["Chr"], pos=x["Pos"]))
...