Я полностью согласен с тем, что API конфигурации Apache Commons действительно хороший выбор.
В этом примере обновляются свойства во время выполнения
File propertiesFile = new File(getClass().getClassLoader().getResource(fileName).getFile());
PropertiesConfiguration config = new PropertiesConfiguration(propertiesFile);
config.setProperty("hibernate.show_sql", "true");
config.save();
Из поста как обновить файл свойств в Java
Надеюсь, это поможет!