Вы можете сделать это в любом месте. Хотя для заголовка типа X-Robots-Tag, который очень сильно указывает страницу c, тогда, вероятно, было бы легче установить это на сервере приложений (в вашем приложении / CMS). Разработчики могут не иметь доступа к прокси-серверу для применения указанных c заголовков.
В качестве альтернативы, вы можете сделать это во внешнем прокси, если вы хотите применить это к каждому запросу, или к указанному шаблону c.
Но вы не должны применять один и тот же заголовок в обоих местах, так как это становится трудно поддерживать (и отлаживать).