Несмотря на то, что node_modules не следует выдвигать, как упомянуто в комментариях, похоже, что проблема связана с node-gyp, а не с самими node_modules. Я предложил переключиться с пакета bcrypt на bcrypt js. Он написан на js и его производительность немного хуже, но он не требует python зависимостей, что делает процесс сборки менее сложным. API идентичен, так что было бы тривиально изменить его в вашем коде. Это не совсем ответ на ваш вопрос, но я надеюсь, что вы найдете его полезным.
Я бы прокомментировал это вместо публикации ответа, но моя репутация недостаточно высока, чтобы сделать это.