Обычно с приложением Cordova (Ioni c) вы не работаете с нативными интерфейсами напрямую. Вместо этого вы бы добавили в свой проект плагин, который предоставляет интерфейс JavaScript для встроенной функции. В большинстве случаев эти плагины будут кроссплатформенными и будут реализовывать одну и ту же функцию для каждой платформы с разными собственными интерфейсами, но с тем же интерфейсом JavaScript для вашего кода Cordova.
Например, если вы пытаетесь запустите некоторые фоновые задачи или запланируйте что-нибудь, может быть, ссылки в этот ответ помогут. Похоже, что есть некоторые проблемы с запуском Cordova в фоновом режиме.
В противном случае, если вы действительно хотите написать Android код в проекте Cordova, вам необходимо ознакомиться с написанием Cordova Плагины и, возможно, напишите специальный плагин для этого проекта.