Возможно, это не было проблемой, в конце концов, комментарий Роланда поставил меня на правильный путь. Вот вариант, который работает достаточно хорошо ...
data("pbmc_small")
a<-rep("pbmc_small",3)
a<-list(pbmc_small,pbmc_small)
b<-c("groups","letter.idents","RNA_snn_res.0.8")
List<-list()
for (i in 1:length(a)) {
for (ii in 1:length(b)) {
print(i);print(ii)
plot=DoHeatmap(object = a[[i]],group.by=b[ii])
List[[length(List)+1]]<-plot
}
}