У вас мало контроля над этим.
В любом случае, файлы, которые не были изменены, клонируются на стороне AppEngine, поэтому это не повлияет на время загрузки.
Если вы пытаетесь использовать AppEngine в качестве репозитория с операциями «фиксации», рассмотрите возможность использования GoogleCode.