IE6 имеет известные проблемы с прозрачными изображениями (IE6 имеет много проблем). Для этого существует множество исправлений javascript, но все они работают в основном одинаково с GIF 1x1 пикселей. Если бы у вас была возможность использовать JPG или GIF, это избавило бы вас от душевных страданий - но я думаю, вы бы уже пошли по этому пути, если бы могли.
Один из способов, с которыми я сталкивался в прошлом, - это обнаружение браузера и замена непрозрачного изображения (GIF / JPG), если это IE6. Этот подход имеет много проблем, и в конечном итоге будет значительным усилием.
Суть в том, что IE6 - это просто боль в тылу. Возможно, вы захотите попробовать одно из других решений для прозрачных изображений IE6, чтобы избежать конфликта, но я не буду с оптимизмом смотреть на чистое выполнение.