Существует операция, называемая прореживанием, которая итеративно размывает изображение, но сохраняет определенный набор c точек (это условная эрозия). В зависимости от набора структурирующих элементов, используемых в условной эрозии, операция может привести к уменьшению объектов до одной точки (или круга для объектов с отверстием в них). Вы можете применить с прореживанием и затем подсчитать количество пикселей.
Как Алекс Алекс упомянул в комментарии , в MATLAB bwmorph(Image, 'shrink', Inf)
выполняет эту операцию.