Одна возможность состоит в том, что у вас есть некоторые потоки помимо основного потока, и они не являются фоновыми потоками. В общем, попробуйте отладить его: подключитесь к нему из VS и используйте кнопку Pause, чтобы разорвать его, и посмотрите, какие потоки существуют и что они делают.