Есть ли способ рассчитать градиент различий между несколькими сайтами, используя данные о наличии / отсутствии? - PullRequest
1 голос
/ 05 февраля 2020

Я пытался придумать метри c для сходства видов (дис) для fi sh в серии, основанной на данных присутствия или отсутствия, которые дают значение 1 или 0 для каждого озера. Из моего исследования кажется, что индекс различий между площадками, использующий индекс Жакара, будет работать лучше всего, так как наличие / отсутствие единственного участка для каждого озера не требует вложенности или специальных предупреждений об обороте. Расчет показателя бета-разнообразия в R с помощью «бета-части» дает общее значение 0,86. Теперь я хочу придумать значение (не) сходства для каждого сайта, которое затем я могу использовать для подключения к RDA в качестве непрерывной переменной. Существует ли метод расчета специфичности сайта c различий? Самая близкая вещь, которую я могу придумать, - это взять бета-разнообразие на всех участках = 0,86, а затем вычислить меру того, сколько видов присутствует в каждом озере, деленное на 0,86, как бы используя импровизированную формулу индекса Жакара. Например, сайт 1 будет = (1/7) / 0,86; хотя я не знаю, нарушает ли это какие-либо предположения. Ниже приведены данные, которые я использовал.

        Species1 Species2 Species3 Species4 Species5 Species6 Species7
Site 1      1       0         0       0         0        0       0
Site 2      1       1         0       0         0        0       1
Site 3      1       1         1       1         1        1       1
Site 4      1       0         0       0         0        0       0
Site 5      1       0         0       0         0        0       1
Site 6      1       0         0       0         0        0       0
Site 7      1       0         1       0         0        0       0
Site 8      1       0         0       0         0        0       0
Site 9      1       0         0       0         0        0       0

Любая обратная связь будет принята с благодарностью.

...