Чтение этого Структура сообщения AS2 Документация. Я бы сказал, да, заголовки MIME шифруются, если вы установите опцию шифрования.
например,
Encrypted, No compression, No signature = HTTP, AS2, MIME Header CMS-PKCS7 MIME Encryption EDI/XML Payload (encrypted)
Заголовки HTTP и AS2 не шифруются, если вы не go через протокол HTTPS.