Похоже, вам все еще нужно создать экземпляр вашего класса SQLAlchemy. (В настоящее время SQLAlchemy ничего не знает о вашем приложении и не имеет конфигурации)
вы можете сделать это после создания приложения.
app = Flask(__name__)
db = SQLAlchemy(app)
Следующая проблема заключается в том, что метод create_engine по-прежнему ожидает 2 позиционных аргументы, как показано в вашей трассировке.
Чтобы получить параметры движка, добавьте следующее "db =":
engine_options = app.config['SQLALCHEMY_ENGINE_OPTIONS']
Теперь вы сможете создать движок следующим образом:
url = "mssql+pyodbc:///?odbc_connect=%s" % params
engine = db.create_engine(url, engine_options)
Возможно, вы привыкли к vanila SQLAlchemy, но расширение Flask работает немного по-другому. Надеюсь, это поможет.