Похоже, что ваш нижний компонент - JTextArea, который НЕ установлен внутри панели прокрутки. Поскольку во втором примере шрифт отличается, последняя строка текста переносится.
Это может быть смягчено двумя различными способами. Либо установите JTextArea внутри панели прокрутки (размер панели прокрутки не изменится, а текстовая область будет прокручиваться), либо установите исходный шрифт для вашей текстовой области.
Я бы предложил первый.