Вообще говоря, запросы Linq должны быть только для чтения. То, что вы хотите достичь, это обновление. Вы можете попробовать ForEach
метод для сбора, но фактический результат может зависеть от других свойств возвращаемых данных.
var relatedPlanToDos = DB.PlanToDos.Where(x => x.EntityFor != null && x.EntityFor.ID == entity.ID);
relatedPlanToDos.ForEach(c => { c.EntityFor = null; });