Когда вы запускаете один python процесс в контейнере, который не порождает другие python процессы в течение его времени жизни, тогда нет никакого "риска" в этом.
Хранение байтового кода на диске используется для компиляции python в байтовый код сразу после первого вызова программы и ее зависимых библиотек для сохранения этого шага при следующих вызовах. В контейнере процесс запускается только один раз, поэтому установка этой опции имеет смысл.