Не удалось найти этот вопрос (!)
Git Подмодуль вернулся пустым - поэтому я сделал:
git pull --recurse-submodules
Тогда:
git submodule update --init --recursive
Но мой подмодуль все еще был пуст, поэтому я сделал:
cd mySubModule/
git pull origin master
Что и помогло - он вытащил все файлы.
Теперь, когда я делаю изменения внутри этого подмодуля dir, изменения обнаруживаются (отлично).
Но как очистить этот подмодуль до его «пустого» состояния, но без удаления подмодуля из основного репо? (Все вопросы, которые я вижу, касаются удаления всего подмодуля - я просто хочу сделать его снова пустым.) через: rm *
Он видит эти изменения как правки в репозитории субмодулей (что не требуется при попытке сделать этот каталог пустым).