Странные вещи могут происходить, когда в ваших данных есть повторяющиеся записи для значения на оси X.
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.DataFrame({
'x': [1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4],
'v1': [10, 11, 12, 13, 1, 1, 1, 1],
'v2': [10]*8,
'v3': [1, 1, 1, 1, 20, 30, 40, 50],
})
df = df.set_index('x')
df.plot(kind='area', stacked=True)
plt.show()
Чтобы убедиться в этом не происходит, первая группа по индексу и сумме.
summed = df.groupby(level=0).sum()
summed.plot(kind='area', stacked=True)