Я отвечаю на свой вопрос. Похоже, что для настройки моего JAVA_HOME я вставил это в свой файл .bashr c:
export JAVA_HOME="$(jrunscript -e 'java.lang.System.out.println(java.lang.System.getProperty("java.home"));')"
Это то, что вызывает предупреждение nashorn каждый раз, когда я запускаю терминал. Я удалил это из .bashr c и довольно сконфигурировал свой JAVA_HOME в /etc/profile.d.
С уважением, Николас