Ошибка при создании нескольких отчетов из уценки R - разные имена, но те же данные

Question

Возможно, это простая проблема, которую я пока не смог решить. Буду рад, если кто-нибудь сможет мне помочь. Я пытаюсь создать много отчетов, используя разметку R, следуя этим инструкциям http://www.nagraj.net/notes/multiple-rmarkdown-reports/ и https://www.r-bloggers.com/many-reports-from-1-rmarkdown-file/. Вот мой код для l oop:

sf$summaries <- sf$summaries %>% filter(ID == i)  
sf_filtered <- sf_filtered %>% filter(ID == i)
for (i in unique(sf$summaries$ID)){ 
rmarkdown::render('/Users/rodri/Desktop/sanger_HC/code/template_animal.Rmd',  # file 2
                  output_file =  paste("report_", i, '_', Sys.Date(), ".html", sep=''), 
                  output_dir = '/Users/rodri/Desktop/sanger_HC/quality_reports')
}

Моя проблема в том, что я пытался фильтровать внутри, за пределами l oop и даже в шаблоне Rmd. Но в итоге я создаю несколько отчетов с разными именами (как я и ожидал), но все они содержат данные из одной и той же фильтрации. Похоже, я снова и снова фильтровал одни и те же данные из первой фильтрации для всего анализа.

Итак, я полагаю, что я неправильно фильтрую или сохраняю не тот объект. Я не знаю. Это код, который я использовал для фильтрации, как я уже говорил, я пытался поместить внутрь и снаружи l oop, а также в шаблон, который я использую.

sf$summaries <- sf$summaries %>% filter(ID == i)  
sf_filtered <- sf_filtered %>% filter(ID == i)

Где лучше всего поставить фильтрацию? Должен ли я загружать данные в коде l oop или в файле template.RMD? Стоит ли сохранять отфильтрованные данные в другом объекте с другим именем?