R сессия прервана пакет растровых - PullRequest
Новая
       8

R сессия прервана пакет растровых

0 голосов
/ 18 апреля 2020

Привет стек переполнение сообщество,
Я обновился до последней версии R и R studio на этой неделе, и мои сеансы R сталкиваются с фатальной ошибкой всякий раз, когда я пытаюсь загрузить пакет растр .

Я попытался посмотреть на зависимости пакета и переустановил их все просто для уверенности. 

# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp"      "Rcpp"    "methods"
install.packages(deps)

Есть идеи?

Ниже представлена ​​информация о моем сеансе. 

devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value                       
 version  R version 3.6.3 (2020-02-29)
 os       macOS Mojave 10.14.6        
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio                     
 language (EN)                        
 collate  en_US.UTF-8                 
 ctype    en_US.UTF-8                 
 tz       America/New_York            
 date     2020-04-17                  

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
 package * version date       lib source        
 lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
 raster    3.0-12  2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
 Rcpp      1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
 sp        1.4-1   2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)

[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library

При поиске решения я также обнаружил, что мой файл Makevars является неполным. Я использовал решение, описанное здесь , которое просит RStudio гарантировать, что оно всегда сохраняет файлы с завершающим переводом строки, но здесь оно не работает. Проблема в том, что я не знаю, была ли у меня эта проблема в течение длительного времени или она связана с проблемой растр .

Я попытался загрузить> 50 других пакетов, и ошибка, похоже, связана с библиотекой растр . 

> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
  incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'

Заранее большое спасибо за любую помощь, которую вы может быть в состоянии обеспечить. Я действительно понятия не имею, что тестировать дальше!

Лучший, Розал ie

1 Ответ

0 голосов
/ 06 мая 2020

Проблема была с clang.

Сначала я обновил MacOS Catalina 10.15.4, затем удалил набор инструментов разработки R, который у меня был для предыдущей версии, используя этот код . Затем я использовал здесь :

В терминале я использовал код xcode-select --install, который открывает всплывающее окно. Нажмите «Установить» и следуйте инструкциям по установке xcode. Проверьте установку, нажав gcc --version. Затем загрузите и установите соответствующий двоичный файл gfortran . Найдите правильную версию здесь .

В R я переустановил R cpp и растр install.packages("Rcpp", "raster").

I теперь я могу загрузить растр без записи сеанса!

...