Я думаю, что inplace
не является хорошей практикой, отметьте это и это , поэтому присвойте выбранный столбец обратно tuple
:
df[('near', 'bike')] = df[('near', 'bike')].fillna(False)
print (df)
distance near far
vehicle bike car bike car
city False NaN NaN NaN
my_home_city 1 0.0 0.0 1.0
Но Ваше решение должно быть изменено:
df[('near', 'bike')].fillna(False, inplace=True)