В дополнение к отличному ответу Павла, это также хорошее время для изучения ключевого слова ref:
private static void Filter(IEnumerable<int> a, ref List<MyModel> b)
{
b = b.Where(u => a.Contains(u.Id)).ToList();
}
Добавление ref к параметру b в функции Filter означает, что список, переданный функции, может быть изменены в функции. Другими словами, список будет изменен в Main без необходимости устанавливать в него возвращаемое значение функции, поскольку вы ожидали, что он будет работать в исходном коде.