Задача, которой вы занимаетесь, - это задача подготовки и предварительной обработки данных. Среди вещей, которые вы должны сделать, уже имея каталог с изображениями, является тегирование изображений, для этой задачи я рекомендую labelImg . Если вам также необходимо, чтобы размерность входных данных была определенного размера c, как в приведенном вами примере, вы можете использовать программное обеспечение для цифровой обработки изображений. Библиотека OpenCV имеет инструменты уменьшения размерности, которые работают для этого.