Вам не нужно добавлять все модули. Только модули, которые вам нужны, и в этом случае модуль отслеживания. Вам нужно будет добавить соответствующую папку в каталог include, и код должен правильно скомпилироваться (ваша папка может находиться в другом месте, но относительный путь должен быть одинаковым)
{location_of_opencv_contrib} \ modules \ tracking \ include
{location_of_opencv_contrib} \ modules \ tracking \ samples
Для visual studio вы можете добавить путь к папке выше в Свойства проекта-> Каталоги VC ++ -> Включить каталоги
Если вы строите с использованием g cc, добавьте опцию -I, а затем каталог указанной папки.