Документация о Romamama и Ropemode кажется очень скудной (домашняя страница http://rope.sourceforge.net/ropemacs.html указывает только на ртутные репозитории, которые я проверил и прочитал в коде), но, похоже, вы можете указать конкретное. Использовать веревочный проект, и это можно угадать (ropemode / interfaces.py: _guess_project), выполнив поиск в дереве каталогов для каталога .ropeproject.
Так что должно быть довольно легко обойти эту проблему, создав (новый) .ropeproject, который охватывает оба проекта, если вы создадите конкретный .ropeproject для project1 / и project2 /.
Недостатки, которые я вижу, могут заключаться в том, что вам, возможно, придется убрать оригинальные каталоги .ropeproject, и для этого требуется дополнительный сценарий для управления каталогамиипроектов более чем в 2 проектах.