Это, скорее всего, из-за начальной точки вашего объекта, инструмент единой местности поместит исходную точку объекта в точку, по которой вы щелкнули. Если точка объекта находится посередине, а не внизу объекта, половина объекта окажется под землей.
Откройте файл в Blender и переместите объект так, чтобы источник находился у корней дерева (или до обозначенной точки, которую вы хотите, чтобы единица поместила ваш объект на местности).