Вы можете создать ветку наподобие «generate_files», к которой вы никогда не прикасаетесь, но когда вы генерируете свои файлы.
В вашей "основной" ветке вы можете объединить ветку "Генерируемые_файлы".
Каждый раз, когда вы генерируете новые файлы, вы должны зафиксировать их в ветке «generate_files», которая создаст новую дельту из предыдущей сгенерированной версии.
Если вы объединитесь после этой ветки в «master», то применится только дельта из предыдущей версии и сохранит вашу модификацию.
Может быть, вы можете использовать стратегию во время слияния, чтобы избежать конфликта.