Если ваше приложение развернуто и вы снова запустите npm install, тогда да, вы можете удалить папку node_modules. Поскольку ваше дерево зависимостей построено и необходимые библиотеки были собраны для сборки js связки.
ОБНОВЛЕНИЕ:
Если вы не обновляете package.json и не делаете добавьте новые библиотеки, затем вы можете сохранить папку node_modules и собрать свой javascript комплект. Однако многие библиотеки обновляются, и иногда вам нужно иметь самые современные библиотеки.